La storia di Sydney Bristow, una brillante studentessa universitaria di 26 anni che lavora segretamente per l'SD-6, una presunta divisione della CIA che si occupa di faccende "sporche". Dopo essere stata reclutata durante il suo primo anno all'università, Sydney ha scoperto l'amara verità riguardante l'SD-6, la cui regola principale è il non divulgare a nessuno la propria identità. Sydney scopre che l'SD-6 non è in realtà una divisione della CIA ma lavora contro la CIA e gli Stati Uniti e la sua stessa vita è in pericolo. Non sapendo cosa fare, Sydney si rivolge alla vera CIA sperando di eliminare l'SD-6 e, sotto il comando dell'agente Michael Vaughn, Sydney diventa una doppiogiochista.