Skipper, Kowalski, Rico und Private sind Pinguine und leben im Central Park Zoo in New York. Doch die vier sind alles andere als normale Zootiere. In Wahrheit sind sie Elite-Soldaten in geheimer Mission. Ihre Order heißt, Ordnung in das herrschende Zoo-Chaos zu bringen. Besonders Neuzugang und Party-Freund König Julien, selbsternannter "König der Lemure", könnte ihre Mission gefährden. Kommandant Skipper und seine Gang sind in Alarmbereitschaft.