Die gigantischen Rodungsmaschinen machen auch vor dem wundersamen Waldreich Fern Gully nicht halt. Hier, wo Elfen leben, Magie und Zauberei noch ihre Kraft besitzen, haben die Bewohner des Waldes vor Urzeiten den bösen Hexxus in einen Baum gesprerrt. Durch die Maschinen wird er befreit. Die weise Magi Lune, die Elfe Christa, ihr Menschenfreund Zak - auf Minigrösse geschrumpft - und die Bewohner von Fern Gully treten zum Kampf gegen Hexxus an, um ihr Paradies zu retten.