Im Jahr 2032 ist die gegenwärtige Definition des Begriffs "Mensch" weitestgehend Geschichte. Industriell gefertigte Körperteile sowie komplette Roboterserien haben das verletzliche Fleisch und die begrenzte Belastungsfähigkeit der humanen Zellen abgelöst. Während Androiden und Cyborgs den Großteil der Bevölkerung darstellen, trauern die wenigen Übriggebliebenen der menschlichen Rasse aussterbenden Idealen und nostalgischen Gefühlen hinterher.
Dies ist die Welt in der "Sektion 9", eine Spezialeinheit des japanischen Innenministeriums, um die Würde des Gesetzes und gegen den Cyber-Terrorismus kämpft. Batou, dessen Partnerin Major vor drei Jahren ihren physischen Körper verloren hat und nur noch als "Geist" existiert, wird gemeinsam mit seinem neuen Partner Togusa auf eine mysteriöse Mordserie angesetzt. Ein weibliches Cyborg-Modell, spezialisiert auf die Befriedigung triebgesteuerter Liebesbedürfnisse, tötet scheinbar wahllos seine Besitzer um anschließend Selbstmord zu begehen. Im Laufe ihrer Ermittlungen werden die beiden Agenten mit eiskalten Yakuza-Mitgliedern, skrupellosen Schwarzmarkthändlern, zwielichten Regierungsmitgliedern und einem morbiden Computerhacker an der Schwelle zwischen Genialität und Wahnsinn konfrontiert, bevor sie schließlich auf die abscheuliche Wahrheit hinter den Verbrechen stoßen...