Japan im 17. Jahrhundert. Kamui ist als Ausgestoßener in eine streng hierarchische Gesellschaft geboren. Um als Mensch akzeptiert zu werden, wird er ein Ninja, doch nun muss er seine Fähigkeiten nutzen, um anderen Leuten zu schaden, sie zu töten. Doch er missachtet diese tödlichen Regeln und wird so zu einem Gejagten...