Die X-Men unter der bewährten Führung von Charles Xavier bekommen es mit der Evolution selbst zu tun. Ihre verstorbene Kollegin Jean Grey wird als Dark Phoenix wieder geboren und ist nicht nur eine Gefahr für sich selbst, sondern auch für die anderen Mutanten und die menschliche Rasse. Als eine mögliche Heilung gefunden wird, mit der außerdem genetische Mutationen kontrolliert werden könnten, müssen sich die X-Men zur Schlacht rüsten - gegen die Brotherhood von Magneto und das menschliche Militär.