Link hat einen wertvollen neuen Freund. Während er Verliese erkundet, wird er von einem Phantom begleitet, einer schweren Rüstung, die seinen Befehlen gehorcht. Die Spieler können auf das Phantom tippen, um es zu steuern und dann eine Linie auf dem Touchscreen zeichnen, um es zu dirigieren. Das mächtige Phantom kann durch Feuer oder Lava laufen, als Plattform genutzt werden, um Link über Gefahren zu erheben, oder sogar eingreifen, wenn Link in Gefahr gerät. Während Link den Zug führt, genießen die Spieler einen Mix aus Action und Echtzeit-Rätseln, da sie bestimmen, welches Gleis zu nehmen ist und wie man die Geschwindigkeit am besten einteilt. Im Zug muss Link die beste Route um sich bewegende Hindernisse herum planen. Außerdem kann es vorkommen, dass Link eine an Bord befindliche Kanone auf seine Feinde abfeuern muss, die den Zug angreifen wollen, oder die Zugpfeife betätigen muss, um Tiere von den Geleisen zu vertreiben. Link setzt eine Reihe neuer Gegenstände und Waffen ein, darunter der Wirbelwind, den die Spieler aktivieren, indem sie ins Mikrofon ihres Nintendo DS oder Nintendo DSi pusten. Wie bereits in The Legend of Zelda: Phantom Hourglass können die Spieler Notizen mit dem Touchpen auf dem Touchscreen machen.