Zwei Jahre nachdem Commander Shepard erfolgreich den Angriff von Reapern zurückdrängen konnte, die auf die Zerstörung allen organischen Lebens aus waren, bahnt sich nun ein neuer mysteriöser Feind an.

Im Randgebiet des bereits erforschten Weltalls werden von etwas völlig Unbekanntem komplette Kolonien der Menschen entführt. Um diese Furcht einflössende und für die Menschheit größte Bedrohung aller Zeiten zu stoppen, liegt es nun an Shepard mit Cerberus zusammen zu arbeiten, einer Organisation, die sich dem rücksichtlosen Kampf für das Überleben der Menschheit verschrieben hat. Commander Shepard muss sich auf eine lebensgefährliche Mission begeben, das tatkräftigste Elite Team der Galaxie zusammenzustellen und das stärkste Schiff das jemals gebaut wurde kommandieren. Doch selbst damit, so sagen viele, sei dies purer Selbstmord. Commander Shepard möchte nun allen Zweiflern das Gegenteil beweisen.