Wir schreiben das Jahr 2025. Auf der Suche nach den Hintergründen zum Auftauchen einer US-Geheimwaffe in Somalia trifft die ISA-Agentin Myra Lee auf den Delta-Force-Angehörigen Aron Alvarez. Zusammen entdecken sie, dass die Gefahr, die vom illegalen Handel mit US-Militärtechnologie ausgeht, weitaus größer und komplexer ist, als anfangs angenommen. Um dieser Gefahr zu begegnen, wird die Sondereinheit Shadow Harvest gegründet. Während seiner Jagd um die ganze Welt schlüpft der Spieler in die Haut der beiden sehr unterschiedlichen Charaktere Myra Lee und Aron Alvarez. Er kann jederzeit zwischen beiden Protagonisten wechseln und seine Taktik auf die jeweilige Situation einstellen. Ist ein leises Vorgehen von Nöten, so kommt Myra Lee zum Einsatz, die auf ein Arsenal lautloser, aber tödlicher Waffen zurückgreifen kann. Aron Alvarez ist das Gegenteil von Leise. Er liebt Sprengstoff und verschießt lieber eine Kugel zu viel, als eine zu wenig. Immer wenn es auf ein offensives Vorgehen und martialisches Auftreten ankommt, ist Aron die beste Wahl.