The Sith Lords spielt etwa fünf Jahre nach den Ereignissen des ersten Teiles und versetzt den Spieler in die Rolle eines gefallenen Jedi-Ritters, der sich Revan im Mandalorianischen Krieg anschloss, und dafür vom Jedi-Rat verbannt wurde. Da im Bürgerkrieg gegen Malak fast alle Jedi ihr Leben lassen mussten, wurde der Orden der Jedi aufgelöst. Der Spieler macht sich mit der mysteriösen Kreia und weiteren Gefährten auf die Suche nach den letzten überlebenden Jedi, um die erneute Bedrohung der Sith, die von drei geheimen Sith-Lords auszugehen scheint, abzuwehren.