Zanto hat das Königreich Hyrule angegriffen, um die Macht der Götter zu erobern. Seitdem ist Hyrule von dunklen Wolken umhüllt – und die Menschen verloren ihre Gestalt und wurden zu Seelen. Link hingegen verwandelte sich in einen großen Wolf mit blauen Augen. In dieser Gestalt lernt er das mysteriöse Wesen Midna kennen. Doch welche Ziele verfolgt Midna? Kann Link ihr trauen?