Die dritte Staffel der erfolgreichen Serie setzt da an, wo die letzte mysteriös endete: Sydney Bristow erwacht in einem Safe-House der CIA in Tokio. Zwei Jahre sind vergangen, und sie hat keinerlei Erinnerungen an diese Zeit.
Disc 1:
01 "Zwei Jahre"
Als Sydney zu Bewusstsein kommt, ist die Erinnerung an die vergangenen zwei Jahre in ihr ausgelöscht. Entsetzt stellt sie fest, dass man sie in der Zwischenzeit für tot hielt. Sie weiß nicht mehr, wem sie vertrauen kann. Vaughn … mehrhat inzwischen geheiratet. Er eröffnet ihr, dass ihr Vater bei der CIA in Einzelhaft sitzt. Um ihn wieder frei zu bekommen, geht sie auf einen Deal mit der CIA ein, der für sie jedoch zum Risiko zu werden droht. Als Jack wieder auf freiem Fuß ist, zeigt er ihr ein Video, dass sie aus der Fassung bringt: Es überführt sie des Mordes an dem Diplomaten Lazarey.
02 "Erbfolge"
Sydney stößt auf ihrer Suche nach den zwei ausgelöschten Jahren auf Sark, der in CIA-Haft sitzt. Als die bisher unbekannte Organisation The Covenant einen Gefangenenaustausch verlangt, muss sie gegen ihren Willen darauf eingehen und Sark an sie ausliefern. Auch Jack will herausfinden, warum seine Tochter zwei Jahre lang verschwunden war. Er bezichtigt den skrupellosen Sloane, mit der Sache zu tun zu haben. Und konfrontiert ihn mit einem ganz neuen Puzzlestück, das zur Auflösung Ihres Geheimnisses dienen könnte. Schließlich trifft Sydney zum ersten Mal auf die Agentin Lauren Reed, Vaughns neue Frau.
03 "Medusa"
Zum ersten Mal nach zwei Jahren bilden Sydney und Vaughn wieder ein Team: Sie sollen verhindern, dass Sark einen amerikanischen Kommunikationssatelliten zerstört. Auch Jack hat eine, gleichwohl private, Aufgabe zu erledigen: Er muss das Video, das Sydney als Mörderin des Diplomaten Lazarey zeigt, manipulieren um seine Tochter zu schützen. Denn Sydney gerät bei der CIA immer mehr unter Verdacht.
04 "Unbekannter Liebhaber"
Sydney versucht sich in eine Terrorgruppe einzuschleichen, die biologische Waffen als Kampfmittel einsetzt. In ihrem gefährlichen, aber charismatischem Anführer erkennt sie einen Teil ihrer ausgelöschten Vergangenheit wieder: Sollte Simon Walker tatsächlich ihr Liebhaber gewesen sein? Ihr persönliches Schicksal und ihr berufliches sind wieder einmal ineinander verwoben. Als sie sich aufmacht, beides zu entschlüsseln, muss Vaughn sich eingestehen, dass er Angst um sie hat, aber auch Eifersucht empfindet. Da kommt es nicht von ungefähr, dass sein Beruf seine Ehe mit Lauren auf eine harte Probe stellt.
Disc 2:
05 "Messerstiche"
Um Vaughns Leben zu retten, muss Sydney ihn zum Schein erstechen. Doch dabei erwischt sie ihn wirklich. Sein Zustand ist besorgniserregend. Lauren macht Sydney große Vorwürfe. Doch auch wenn sie sich um Vaughn große Sorgen macht, beschäftigen Sydney noch ganz andere Probleme. Sie beginnt, die Loyalität Sloanes in Frage zu stellen, als dieser von Kazarai, einem Anführer von The Covenant, entführt wird. Und Jacks Tarnung droht aufzufliegen, als er auf Simon trifft.
06 "Feindinnen"
Bei einer neuen Mission trifft Sydney auf ihre tot geglaubte Erzfeindin Allison, auch bekannt als Evil Francie. Allison ist jetzt eine der Hauptaktivisten bei The Covenant! Beide sind auf der Suche nach dem Mann, der den Schlüssel zu einem wichtigen Atomprogramm der Russen besitzt. Als sie ihn gleichzeitig aufspüren, kommt es zu einem heftigen Kampf. Währenddessen deckt Lauren eine Verbindung von Sydney zu dem Mord an Lazarey auf. Und Sydney wird gegen ihren Willen als Kontaktfrau für Sloane abgeordnet, der sich bei The Covenant eingeschleust hat.
07 "Alpträume"
Um endgültig zu verhindern, dass Sydneys Mord an dem Diplomaten ans Licht kommt, leitet Jack drastische Maßnahmen ein, die nicht nur Vaughn und Lauren erheblich gefährde. Doch Lauren kommt der Wahrheit trotzdem immer näher, und für Sydney wird es langsam wirklich gefährlich. Mittlerweile ist Sydney mit Sloane nach China aufgebrochen, wo sie eine extrem Leistungsstarke Laserwaffe außer Kraft setzen müssen. Nach erfolgreicher Mission gibt Sloane Sydney einen kodierten Brief, der einen Hinweis auf ihr früheres Leben enthält.
08 "Bis an die Grenze"
Die Wahrheit hat Sydney eingeholt. Sie wurde in Rom vom NSC aufgespürt und in Camp William in Haft genommen. Dort wird sie qualvoll gefoltert. Jack und Vaughn sehen keine andere Chance, als sich mit Sloane zu verbünden, um Sydney zu befreien. Unterdessen muss Lauren eine heikle Entscheidung treffen - bei der sie nur verlieren kann.
Disc 3:
09 "Bei Bewusstsein"
Nach einer schockierenden Entdeckung in der Wüste erklärt sich Sydney zu einem Experiment bereit, das ein exzentrischer Arzt durchgeführt und mit dessen Hilfe sie ihr verlorenes Gedächtnis wiedererhalten soll. Und Sloane sieht sich an einer neuen Front in die Enge getrieben.
10 "Überreste"
Die Identität des mysteriösen "St. Aidan" zwingt Sydney, einen alten Freund aus dem Zeugenschutzprogramm herauszuholen. Aber die Verfolgung bringt sie und ihren Freund auf Kollisionskurs mit der Frau, die ihrer beider Leben ruiniert hat. Sark trifft zum ersten Mal wieder auf seinen ihm fremd gewordenen Vater. Und Sloane, der noch immer von Lindsey unter Druck gesetzt wird, muss weiter seinen Plan verfolgen, Sydney ein für allemal auszuschalten.
11 "Enthüllung"
Als das Departement of Special Research der CIA das Rambaldi-Röhrchen abnimmt, sieht Sydney wieder eine Chance verpasst, herauszufinden, was in ihren ausgelöschten zwei Jahren passiert ist. Aber FBI-Chef Kendall weiht sie in ein großes Geheimnis ein und enthüllt, dass ihr Schicksal schon immer mit Milo Rambaldi verwoben gewesen ist.
12 "Überläufer"
Sydney und Vaughn müssen ihre persönlichen Differenzen außer Acht lassen, um einen Maulwurf von The Covenant herauszuholen. Denn der ist bereits, zu den USA überzulaufen und entscheidende Informationen zu geben, die die Organisation schwächen könnten. Unterdessen unternimmt Lauren eine dramatische Aktion gegen Sydney und Vaughn, während Jack Sydneys Mutter Irina kontaktiert, damit sie ihm hilft, ihre Tochter zu retten. Daraufhin schickt ihm Irina eine mysteriöse Kontaktperson, die helfen kann... aber der Preis dafür ist hoch.
Disc 4:
13 "Neue Allianzen"
Während Sydney und Vaughn der "Doleac Agenda" nachgingen, in der sowohl Aktivitäten von The Covenant als auch die Namen der sechs Anführer vermerkt sind, schließen sich Sark und Lauren zu einer neuen Allianz zusammen. Sie wollen die Anführer vernichten, ehe die CIA sie finden kann.
14 "Rückschlag"
Vaughn und Sydney sind auf der Jagd nach einer gigantischen Bombe, doch Sark und Lauren behindern ihre Mission erheblich. Und Sloane eröffnet Judy Barnett ein dunkles Geheimnis über seine Beziehung zu Irina Derevko.
15 "Späte Rache"
Die CIA geht einem Hinweis auf einen unabhängigen Bombenhersteller nach und kann ihn hochnehmen, indem sie sich als Mitglieder von The Covenant ausgeben. Aber als Vaughn mit Sark in einem Flugzeug gefangen ist, wo die neueste Erfindung des Bombenherstellers tickt, muss Sydney das Verwirrspiel aufdecken, damit Sark kooperiert.
16 "Artefakt 45"
Dixon sieht seinen schlimmsten Alptraum wahr werden, als seine Kinder vom The Covenant gekidnappt werden. Ihm bleibt keine andere Wahl, als die Leitung abzugeben. Er sichert sich Sydneys Unterstützung bei einem verzweifelten Plan, sie heil wiederzubekommen. Und Sloane erfährt, dass er verdächtigt wird, für The Covenant zu arbeiten.
Disc 5:
17 "Sündenbock"
Vaughn beschließt, sich von Lauren zu trennen, aber seine Frau will nicht kampflos aufgeben und greift zu furchtbaren Mitteln, um Vaughn an ihrer Seite zu halten. Sloanes einzige Hoffnung auf Entlastung verfliegt, als Jack die Wahrheit über die Affäre mit Irina entdeckt.
18 "Enttarnt"
Lauren will The Covenant beweisen, dass sie von großem Nutzen sein kann. Sydney findet daraufhin Lauren immer verdächtiger und teilt Vaughn ihren Argwohn gegenüber Lauren mit. Vaughn weigert sich anfangs, ihr zuzuhören, aber seine ohnehin nagenden Zweifel werden noch größer - als nämlich Kazari Bomani Sark befielt, Laure zu töten.
19 "Stundenglas"
Sydney bekommt den Schock ihres Lebens, als sie erfährt, wer der "Passenger" ist. In einem Wettlauf gegen die Zeit versucht sie, die Rambaldi-Artefakte zu finden, die helfen können, den Passenger aufzuspüren. Und der einzige, der ihr helfen kann, ist Arvin Sloane, der in 72 Stunden exekutiert werden soll.
20 "Blutsbande"
Sydney und Jack suchen Sloanes Unterstützung, um den Passenger aufzuspüren. Nachdem Vaughn ein Geheimnis über seinen Vater erfahren hat, wird er von Lauren und Sark, die dem Passenger selbst dicht auf den Fersen sind, entführt und gefoltert.
Disc 6:
21 "Vermächtnis"
Mit der Hilfe von Katya Derevko und dem gefangen gehaltenen Sicherheitssystem-Experten Toni Cummings versuchen Sydney und Vaughn, Sloane und Nadia aufzuspüren. Aber auch Lauren und Sark sind ihnen dicht auf den Fersen, um die Geheimnise von Rambaldi zu lüften. Vaughns Besessenheit, Lauren endlich aufzuspüren, bringt ihn fast um seinen Verstand, bis er und Sydney an einem alten Gegner Rache üben.
22 "Auferstehung"
Lauren begeht einen unglaublichen Verrat, und Vaughn muss auf der Suche nach seiner Frau seinen finsteren Dämonen ins Auge blicken. Nadia weiß nicht, ob sie Sloane trauen kann oder nicht, während sie auf der Suche nach Rambaldis wertvollstem Artefakt ist. Und Sydney macht eine vernichtende Entdeckung, die sie jeden und alles, was sie zu kennen glaubte, in Zweifel ziehen lässt. weniger