Episoden:
"Im Untergrund"
Als die Vorräte in Atlantis zur Neige gehen, will Dr. Weir den Handel von Nahrungsmitteln mit anderen Planeten ausdehnen. Sheppard, McKay, Ford und Teyla unternehmen eine Handelsmission zu den Genii, einer einfachen Farmer-Population. Aber außer Säen und Ernten haben die Genii noch mehr zu bieten: ein geheimes Verteidigungssystem... und ihre Vorliebe für kriegerische Auseinandersetzungen. Wird der neue "Alliierte" das Atlantis-Team im Kampf gegen … mehrdie Wraith unterstützen... oder für noch mehr Ärger sorgen?
"Der Sturm"
Atlantis stehen unruhige Zeiten bevor: Ein großer Wirbelsturm bedroht die versunkene Stadt. Da der Schutz ihrer Bewohner nicht gewährleistet werden kann, müssen sie auf den Planeten Manara evakuiert werden. Nur Dr. Weir, Sheppard und McKay sollen zurückbleiben. Der Wind bläst schon sehr heftig, als McKay und Dr. Zelenka einen genialen Plan beschließen: Sie wollen die Energie des Hurrikans nutzen, um den Schutzschild der Stadt wieder aufzubauen. Es bleiben nur noch wenige Stunden Zeit, um die nötigen Vorbereitungen zu treffen. Währenddessen sind Teyla, Ford und Beckett auf dem athosianischen Festland gestrandet...
"Das Auge"
Die Genii haben die Macht in Atlantis übernommen. Nur Major Sheppard konnte ihnen entkommen. Nun spielt er ein gefährliches Katz-und-Maus-Spiel mit den Soldaten, die Dr. Weir und McKay in ihrer Gewalt festhalten. Major Sheppard muss die verbliebenen Mitglieder des Stargate-Teams retten, während der Stadt der unmittelbare Untergang bevorsteht.
"Der Überlebende"
Major Sheppard und Dr. McKay entdecken auf einem nahe gelegenen Wüstenplaneten das Wrack eines abgeschossenen Wraith-Schiffes. Als sie das Objekt untersuchen, wird ihnen klar, dass es sich um ein Versorgungsschiff handelt, das Menschen als Nahrung geladen hat. Doch sie ahnen noch nicht, dass ein Wraith den Absturz überlebt hat und sich von der Fracht ernährt: Major Sheppard steht ein erbitterter Kampf auf Leben und Tod bevor... weniger