Shinji Ikari ist in die Zentrale des geheimen Forschungslabors NERV zurückgekehrt. Er beschließt, auch weiterhin als Pilot für den EVA-01 zur Verfügung zu stehen. Gerade rechtzeitig, denn die außerirdischen "Engel" planen einen neuen Angriff, dessen Ziel diesmal das Forschungslabor selbst ist. Shinji und das geheimnisvolle Mädchen Rei stellen sich erneut dem Kampf um Leben und Tod... Eine spannende Fantasyserie in deren Mittelpunkt der 14jährige Junge Shinji steht.