Un giorno Crysta, che vive nella foresta incantata di Ferngully, decide di fare un lungo viaggio con Batty, un nuovo amico svitato e simpatico, e insieme arrivano ai confini della magica foresta. Ma li attende una spiacevole sorpresa: gli uomini stanno distruggendo gli alberi di Ferngully. Soltanto un ragazzo, Zac, rimpicciolito per sbaglio da Crysta, la segue nel cuore della foresta incantata...tutte le speranze che Crysta e i suoi amici continuino a vivere a Ferngully sono nelle sue mani.