In Gestalt einer attraktiven Frau landet die bedrohliche Kreatur Serleena in New York: Mit Hilfe des auf der Erde abgestellten Scrad will sie das Lich von Zartha sicherstellen, um die Herrschaft des Universums zu erlangen. MIB-Agent Jay stellt sich der Gefahr, muss dafür aber seinen Partner Kay aus dem Ruhestand holen.