Mit neuen Kampftechniken und der neuen Verstärkung von Venus de Milo verteidigen sich die Gebrüder Raphael, Michelangelo, Leonardo und Donatello gegen neue Bösewichte und ganze Armeen.
Auf der Schwelle zum Erwachsenensein müssen sich die fünf auch mit den für alle Jugendlichen typischen Problemen herumschlagen. Und da sie in keiner Situation den Humor verlieren, stehen die Turtles am Ende als Sieger da.