Lincoln Burrows sitzt im Gefängnis und wartet auf seine Hinrichtung. Doch sein Bruder Michael, der als Bauingenieur beim Bau des Gefängnisses mitgearbeitet hat, ist von Lincolns Unschuld überzeugt und hat einen gewagten Plan: Er lässt sich absichtlich bei einem Bankraub verhaften, um in dieselbe Haftanstalt zu kommen und mit Lincoln auszubrechen. Leider verläuft der ausgeklügelte Plan aber alles andere als glatt, denn im Knast weiß niemand, wer Freund und wer Feind ist, … mehrund für Lincoln tickt gnadenlos die Uhr: Bis zur Exekution sind es nur noch wenige Tage!

Episoden:
Disc 1:
01 Der grosse Plan
02 Lügt Lincoln?
03 Vertrauenstest
04 Veronica steigt ein

Disc 2:
05 English, Fitz oder Percy?
06 Lebensgefahr (Teil 1)
07 Lebensgefahr (Teil 2)
08 Nur noch 17 Tage

Disc 3:
09 Plan in Gefahr
10 Zuwachs
11 Und dann waren es 7
12 Einer muss gehen

Disc 4:
13 Jetzt oder nie!
14 Im Schatten die Ratten...
15 Totgeglaubte
16 Lebenswege

Disc 5:
17 Puzzleteile
18 Hoch gepokert
19 Opfer der Wahrheit
20 Keine Zeit mehr

Disc 6:
21 Countdown
22 Todgeweihte weniger