Das Spiel erzählt von Sheldon J. Plankton, der mit allen Mitteln die Geheimrezeptur der Krossen Krabbe stehlen will und so ganz Bikini Bottom mit einer Armee von Robotern bedroht. Der Spieler hilft Spongebob und seinen Freunden dabei, Planktons bösen Plan zu durchkreuzen und die wertvolle Krabbenburger-Rezeptur zu beschützen.