Ein halbes Jahrhundert ist vergangen, seit die Widerstandsbewegung der Red Faction und die Marauder den Mars von der Diktatur der Earth Defense Force (EDF) befreit haben. Doch eine neue, geheimnisvolle Bedrohung scheint in den Schatten zu erwachen - nicht weniger tödlich als die EDF... Als der Protagonist Darius Mason durch einen Trick dazu gebracht wird, einen geheimnisvollen Schacht in einem alten Marauder-Tempel zu öffnen, setzt er etwas abgrundtief Böses frei und bringt so das Armageddon über den Mars!